V tomto článku sa budeme zaoberať najlepším bezplatným softvérom na molekulárne modelovanie^{(Molecular Modeling software)} pre Windows 10 PC. Pomocou tohto bezplatného softvéru môžete vytvárať modely rôznych jednoduchých až zložitých chemických zlúčenín. Táto kolekcia softvéru je užitočná pre študentov bioinformatiky, chemického inžinierstva atď. Môžete pridať rôzne prvky z periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} , aby ste vytvorili chemickú zlúčeninu. Navyše v tomto softvéri môžete tiež zobraziť chemickú zlúčeninu v rôznych štýloch, ako napríklad drôtený model, guľa a palica, rúrky, guľa a valec^{(wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder)} a ďalšie.

Softvér na molekulárne modelovanie pre ^(Modeling)Windows 10

Niektoré z týchto softvérov obsahujú pre vaše pohodlie aj rôzne chemické skupiny a štruktúry. Jednoducho^(Simply) ich vyberte a váš chemický model je pripravený. Príklady chemických skupín zahŕňajú  alkoholy, benzén, aldehydy, aminokyseliny^{(alcohols, benzene, aldehydes, amino acids)} atď. Okrem toho môžete robiť aj chemické výpočty, ako je  energia, dĺžka väzby^{(energy, bond length)} atď.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Dizajnér Ascalaph

Poďme sa na ne pozrieť.

1] Avogadro

 Avogadro  je vynikajúci freeware na molekulárne modelovanie, ktorý prichádza s množstvom funkcií. Jeho užívateľsky prívetivé rozhranie uľahčuje jeho pochopenie pre používateľov. Po spustení softvéru sa na ľavej strane zobrazí čierna obrazovka a panel. K niektorým bežne používaným prvkom sa dostanete z „ rozbaľovacej ponuky^{(drop-down menu)} “ na ľavom paneli. Ak chcete získať prístup ku všetkým prvkom, jednoducho kliknite na „ iné^(other) “ v rozbaľovacej ponuke a softvér spustí periodickú tabuľku^{(Periodic Table)} . Prvok, ktorý vyberiete z periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} , bude dostupný v rozbaľovacom zozname.

Kroky na kreslenie chemickej zlúčeniny:

1. Vyberte^(Select) prvok z rozbaľovacej ponuky na ľavom paneli a kliknutím na čiernu obrazovku ho pridajte.
2. Teraz z rozbaľovacej ponuky vyberte iný prvok.
3. Stlačte a podržte ľavé kliknutie myši a potiahnite ho k prvému prvku, aby ste ho spojili chemickou väzbou. Môžete tiež vybrať typ chemickej väzby, jednoduchú, dvojitú alebo trojitú.

Na paneli nástrojov softvéru sú rôzne tlačidlá:

• Nástroj na kreslenie^{(Draw tool)} : Umožňuje vám kresliť rôzne molekulárne zlúčeniny.
• Navigačný nástroj^{(Navigation tool)} : Pomocou neho môžete pohybovať, otáčať, približovať a odďaľovať molekulárny model.
• Nástroj na centrickú manipuláciu^{(Bond centric manipulation tool)} s väzbou: Vyberte tento nástroj a kliknutím na ktorúkoľvek väzbu zobrazte uhol.
• Nástroj automatického otáčania^{(Auto rotation tool)} : Vyberte tento nástroj a kliknite na tlačidlo „ Štart^(Start) “. Teraz stlačte a podržte ľavé tlačidlo myši a potiahnite ho ľubovoľným smerom. Uvoľnite ľavé kliknutie a molekulárny model sa začne automaticky otáčať.

Ak chcete zmeniť veľkosť dĺžky väzby zlúčenín automaticky, prejdite na „ Extensions > Optimize Geometry “ alebo stlačte „ Ctrl+Alt+O “. Ak chcete vypočítať energiu, prejdite do časti „ Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy .

Uloženie súboru^{(Saving the File)} : Svoj projekt môžete uložiť vo viacerých formátoch vrátane  PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM . Okrem toho je k dispozícii aj možnosť exportu, pomocou ktorej môžete svoj projekt uložiť vo  formáte PDF, SVG, BMP, JPG, PNG^{(PDF, SVG, BMP, JPG, PNG)} atď.

2] MoluCAD

MoluCAD  je ďalší bezplatný bezplatný softvér na molekulárne modelovanie v tomto zozname. Rovnako ako Avogadro prichádza s množstvom funkcií. V tomto softvéri môžete vedľa seba zobraziť 2D aj 3D pohľad. Niektoré bežne používané prvky sú dostupné na ľavom paneli softvéru. Ak ho chcete pridať do hlavného priestoru, jednoducho kliknite na ktorýkoľvek z prvkov. Ak prvok, ktorý chcete pridať, tam nie je dostupný, môžete ho vybrať z periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} . Ak chcete zobraziť periodickú tabuľku^{(Periodic Table)} , kliknite pravým tlačidlom myši na čierne miesto a kliknite na tlačidlo „ Pridať atóm^{(Add Atom)} “.

Kroky na kreslenie chemickej zlúčeniny:

1. Kliknutím^(Click) na ktorýkoľvek z prvkov na ľavom paneli ho pridáte.
2. Kliknutím^(Click) na ďalší prvok ho pridáte alebo ho môžete vybrať z periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} .
3. Ak chcete spojiť prvky, prejdite na „ Add > Bonds – Connect Atoms “ a vyberte typ chemickej väzby. Teraz kliknite na prvý atóm a potom kliknite na druhý.

Okrem prvkov môžete pridať aj zlúčeniny. Na pravom paneli nájdete rôzne  molekuly, aminokyseliny, funkčné skupiny, atómy osamelých párov^{(molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms)} atď. Vyberte ľubovoľnú štruktúru a presuňte ju do hlavného priestoru. Energiu molekúl môžete vypočítať kliknutím na „ Energy > Evaluate Energy “.

Pomocou ponuky „ Dopyt^(Query) “ môžete vypočítať  vzdialenosť medzi dvoma atómami, dĺžku väzby, uhol väzby, torzný uhol, ťažisko^{(distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass)} atď. 3D štruktúru si môžete prezerať v štyroch rôznych pohľadoch,  zhora, spredu, zboku a šikmý^{(top, front, side, and oblique)} . Prejdite na „ View > Graphics Mode “ a pozrite si model v rôznych formách, ako je  loptička a palica, výplň priestoru, potrubia^{(ball & stick, space fill, pipes)} a ďalšie.

Uloženie súboru^{(Saving the file)} : Projekt môžete uložiť vo formáte MCD . Ak použijete možnosť „ Exportovať^(Export) “ v ponuke „ Súbor^(File) “, môžete svoj projekt uložiť vo  formátoch JPEG^(JPEG)  a  Windows BITMAP  .

3] ArgusLab

ArgusLab  je ďalší užívateľsky prívetivý softvér na molekulárne modelovanie, ktorý prichádza s ľahko pochopiteľnými funkciami. Pomocou tohto softvéru môžete vytvoriť štruktúru rôznych chemických zlúčenín. Na ľavom paneli softvéru sú k dispozícii tri karty:

• Atómy^(Atoms) : Táto karta obsahuje rôzne prvky periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} . Po kliknutí na každý atóm softvér zobrazí jeho geometriu. Kliknutím^(Click) na tlačidlo „ Periodická tabuľka^{(Periodic Table)} “ spustíte periodickú tabuľku^{(Periodic Table)} .
• Prstene^(Rings) : Tu získate rôzne typy chemických kruhových štruktúr.
• Aminokyseliny^{(Amino Acids)} : Táto karta zobrazuje rôzne typy aminokyselín. Na tejto karte je k dispozícii aj „ Polypeptide Builder “.

Kroky na kreslenie chemickej zlúčeniny:

1. Ak chcete pridať prvok, kliknite na kartu „ Atom “ na ľavom paneli.^(Atom)
2. Vyberte^(Select) ktorýkoľvek z dostupných prvkov. Ak tam požadovaný prvok nie je, môžete ho vybrať z „ Periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} “.
3. Kliknutím pravým tlačidlom^(Use) myši umiestnite prvok na určené miesto.
4. Vyberte^(Select) iný prvok. Teraz vyberte posledný prvok kliknutím ľavým tlačidlom myši a umiestnite druhý prvok kliknutím pravým tlačidlom myši. Tým sa spoja dva prvky a vytvorí sa zlúčenina.
5. Ak chcete pridať kruhy a aminokyseliny do priestoru, postupujte podľa rovnakých krokov.

4] Dizajnér Ascalaph

Ascalaph Designer  je ďalší dobrý freeware pre molekulárne modelovanie. Najlepšia časť softvéru je, že ho nemusíte inštalovať do počítača. Dodáva sa so spustiteľným súborom. Softvér sa stiahne vo formáte zip. Po jeho rozbalení nájdete spustiteľný súbor v priečinku „ bin “.

Kroky na kreslenie chemickej zlúčeniny:

1. Stlačením „ Ctrl+N “ spustíte nový projekt.
2. Ak chcete pridať prvky, musíte otvoriť periodickú tabuľku^{(Periodic Table)} . Ak to chcete urobiť, prejdite do časti „ Build > Free Drawing “.
3. Vyberte^(Select) ľubovoľný z prvkov a umiestnite ich do priestoru stlačením kláves „ Ctrl+Shift “.
4. Umiestnite ďalší prvok pomocou vyššie uvedeného kroku a presuňte ho na posledný prvok, aby ste ich spojili chemickou väzbou.

Kliknutím na tlačidlá na pravom paneli si môžete prezrieť každú zlúčeninu v rôznych formách, ako je  loptička a palica, drôtený model, CPK^{(ball and stick, wireframe, CPK)} atď. Keď vyberiete ľubovoľný prvok z periodickej tabuľky^{(Periodic Table)} , zobrazia sa vám ďalšie informácie, ako je  názov prvku, hybridizácia, kovalentné a Van Der Waalsove sily príťažlivosti^{(element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction)} . Kliknutím na ponuku „ Analýza^(Analyze) “ môžete vykonať rôzne výpočty vrátane  energie, teploty, tlaku, dipólového momentu^{(energy, temperature, pressure, dipole moment)} atď.

Uloženie súboru^{(Saving the file)} : Svoj projekt môžete uložiť len v jeho vlastných formátoch, vrátane  mim, hin, xmol ,  mmol, smol,  atď. Toto je nevýhoda tohto freeware.

Dúfame, že tento príspevok bol pre vás užitočný pre vaše školské a vysokoškolské projekty.

Best free Molecular Modeling software for Windows 10

In this article, we will cover the bеst free Molecular Modeling software for Windows 10 PC. Using these freeware, you can create models of various simple to complex chemical compounds. This software collection is helpful for the students of bioinformatics, chemical engineering, etc. You can add different elements from the Periodic Table to form a chemical compound. Moreover, in these software, you can also view a chemical compound in different styles, like wireframe, ball and stick, pipes, ball and cylinder, and more.

Molecular Modeling software for Windows 10

Some of these software also include different chemical groups and structures for your convenience. Simply select them, and your chemical model is ready. Examples of chemical groups include alcohols, benzene, aldehydes, amino acids, etc. Apart from that, you can also do chemical calculations like energy, bond length, etc.

1. Avogadro
2. MoluCAD
3. ArgusLab
4. Ascalaph Designer

Let us take a look at them.

1] Avogadro

 Avogadro is an excellent molecular modeling freeware that comes with plenty of features. Its user-friendly interface makes it easy to understand for the users. On launching the software, you will see a black screen and a panel on the left side. You can access some commonly used elements from the “drop-down menu” on the left panel. If you want to access all the elements, simply click on “other” in the drop-down menu, and the software will launch the Periodic Table. The element which you select from the Periodic Table will be available in the drop-down list.

Steps to draw a chemical compound:

1. Select an element from the drop-down menu on the left panel and click on the black screen to add it.
2. Now, select another element from the drop-down menu.
3. Press and hold the left click of the mouse and drag it to the first element to connect it with a chemical bond. You can also select the type of chemical bond, single, double, or triple.

There are different buttons on the toolbar of the software:

• Draw tool: It lets you draw different molecular compounds.
• Navigation tool: Using it, you can move, rotate, zoom in and zoom out the molecular model.
• Bond centric manipulation tool: Select this tool and click on any of the bonds to view the angle.
• Auto rotation tool: Select this tool and click on the “Start” button. Now, press and hold the left click of the mouse and drag it in any direction. Release the left click, and the molecular model will start rotating automatically.

If you want to resize the bond length of compounds automatically, go to “Extensions > Optimize Geometry” or press “Ctrl+Alt+O.” To calculate the energy, go to “Extensions > Molecular Mechanics > Calculate Energy.”

Saving the File: You can save your project in multiple formats, including PDB, ENT, CHM, ALC, CDXML, CDX, C3D2, C3D1, SD, SDF, DMOL, CHT, GAM. Apart from this, an export option is also available, using which you can save your project in PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, etc.

2] MoluCAD

MoluCAD is another free molecular modeling freeware in this list. Like Avogadro, it also comes with a lot of features. In this software, you can view both 2D and 3D views adjacently. Some commonly used elements are available on the left panel of the software. To add it to the main space, simply click on any of the elements. If the element you want to add is not available there, you can select it from the Periodic Table. To view the Periodic Table, right-click on the black space and click on the “Add Atom” button.

Steps to draw a chemical compound:

1. Click on any of the elements on the left panel to add it.
2. Click on another element to add it, or you can select it from the Periodic Table.
3. To connect the elements, go to “Add > Bonds – Connect Atoms” and select the type of chemical bond. Now click on the first atom and then click on the second one.

Apart from elements, you can also add compounds. On the right panel, you will find different molecules, amino acids, functional groups, lone pair atoms, etc. Select any structure and drag and drop it to the main space. You can calculate the energy of the molecules by clicking on “Energy > Evaluate Energy.”

Using the “Query” menu, you can calculate the distance between two atoms, bond length, bond angle, torsion angle, the centre of mass, etc. You can view the 3D structure in four different views, top, front, side, and oblique. Go to “View > Graphics Mode” to view the model in different forms, like ball & stick, space fill, pipes, and more.

Saving the file: You can save the project in MCD format. If you use the “Export” option in the “File” menu, you can save your project in JPEG and Windows BITMAP formats.

3] ArgusLab

ArgusLab is another user-friendly molecular modeling software that comes with easy to understand features. Using this software, you can create the structure of different chemical compounds. On the left panel of the software, three tabs are available:

• Atoms: This tab contains different elements of the Periodic Table. On clicking each atom, the software displays its geometry. Click on the “Periodic Table” button to launch the Periodic Table.
• Rings: Here, you will get different types of chemical ring structures.
• Amino Acids: This tab shows different types of amino acids. In this tab, “Polypeptide Builder” is also available.

Steps to draw chemical compound:

1. Click on the “Atom” tab on the left panel to add an element.
2. Select any of the available elements. If your desired element is not there, you can select the same from the “Periodic Table.”
3. Use right-click to place the element on the space provided.
4. Select another element. Now, select the last element using the left-click and place the other element by using the right-click. This will join the two elements and form a compound.
5. To add rings and amino acids in the space, follow the same steps.

4] Ascalaph Designer

Ascalaph Designer is one more good molecular modeling freeware. The best part of the software is that you need not install it on your PC. It comes with an executable file. The software will be downloaded in zip format. After extracting it, you will find the executable file in the “bin” folder.

Steps to draw a chemical compound:

1. Press “Ctrl+N” to start a new project.
2. To add elements, you have to open the Periodic Table. For this, go to “Build > Free Drawing.”
3. Select any of the elements and place them in the space by pressing the “Ctrl+Shift” keys.
4. Place another element using the above step and drag it to the last element to connect them with a chemical bond.

You can view every compound in different forms like ball and stick, wireframe, CPK, etc., by clicking on the buttons on the right panel. When you select any element from the Periodic Table, it shows you additional information like element name, hybridization, covalent, and Van Der Waals forces of attraction. Click on the “Analyze” menu to perform different calculations, including energy, temperature, pressure, dipole moment, etc.

Saving the file: You can save your project only in its own formats, including mim, hin, xmol, mmol, smol, etc. This is the demerit of this freeware.

We hope you found this post useful for your school and college projects.

Related posts

• Najlepší bezplatný softvér na skenovanie čiarových kódov pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér na simuláciu obvodov pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér na vzdialenú plochu pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér na mapovanie dronov pre Windows 10

• Najlepšie aplikácie IP kamery pre Windows 10 PC a Android Phone

• Najlepší bezplatný FTP klientsky softvér pre Windows 10 PC

• Najlepší bezplatný alternatívny softvér Connectify na zdieľanie internetu v systéme Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér Secure Delete pre Windows 10

• Start Everywhere je alternatívou ponuky Štart pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér simulátora Logic Gate pre Windows 10

• Prevod EPUB na MOBI – bezplatné nástroje na prevod pre Windows 10

• Najlepšie bezplatné alternatívy Garageband pre Windows 10 PC

• Najlepší softvér na šifrovanie súborov a priečinkov pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér na kreslenie na obrazovke v počítači so systémom Windows 10

• Najlepšie aplikácie Desktop Countdown Timer pre Windows 10

• Recordit: Bezplatný GIF Screen Recorder pre Windows 10

• Najlepšie bezplatné simulátory mikroprocesorov 8085 pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér na ťažbu bitcoínov pre Windows 10

• Najlepší bezplatný softvér na správu nemocníc pre Windows 10

• Najlepšie bezplatné nástroje na sledovanie chýb pre Windows 10